"Още kогато се появяват първите kерамuчнu фрагменти от „Cлaдkume kладенци" в стария бургасkи kвартал „Комлуkа" световно uзвестнuят бьлгарсkи археолог Богдан Филов пише: "От тези нaxoдku се вижда , че Бургас не е бил основан eдвa във византийсkо време, kakmo досега се мислеше, но че на това място е съществувал много по-стар град още от времето на старогръцkата kолонизация по брега на Черно море." Това е цитат от една археологичесkа бележkа, датираща от 1910 г."

Проф. Карайотов отдаде целия си съзнателен живот за една кауза – древната история на Бургас и Бургаския край. С неговото име свързваме редица археологически разкопки на тракийски могили, крепости, селища и светилища. Голяма част от находките, открити при тези проучвания, днес са неизменна част от експозицията на Археологическия музей в Бургас-китайски копринени тъкани и дървен саркофаг от тракийско погребение, изящни римски бронзови съдове от Брястовец, каменна и керамична пластика.

Голям бе интересът на Иван Карайотов към античните монети. Той е човекът, благодарение на който Бургаския музей притежава една от най-богатите нумизматични колекции в страната. А неговите проучвания върху бронзовото и сребърното монетосечене на Месамбрия са го превърнали отдавна в учен от световна величина.

Другата голяма страст на Иван Карайотов бяха подводните проучвания. Той е един от първите български подводни археолози. Неговите проучвания край о-в Св. Анастасия, Ропотамо, Маслен нос и мн. др. бяха безукорни във всяко отношение. Благодарение на неговото старание и усърдие, днес Бургаския музей притежава една прекрасна колекция от древни котви и щокове, които биха били чест за всеки един световен музей.

Не бихме могли да говорим за проф. Иван Карайотов без да кажем и за неговото книжовно наследство. Той е автор на десетки монографии и стотици научни статии и съобщения. Във вестници, списания, научни сборници в страната и чужбина – той неизменно присъстваше като автор на научни и научно-популярни работи. Негова емблема си остават две основополагащи негови монографии – „Бургас-вечното пристанище“ и „Остров св. Анастасия“. До ден днешен те си остават „учебници“ за всеки, който иска да научи нещо за древната история на града Бургас.